Etant réputée ne pas avoir de personnalité distincte de celle de ses membres, la SCPI n'est pas soumise à l'impôt sur les sociétés ; à charge pour ses associés de s'acquitter de l'impôt en fonction de leur propre régime fiscal : c'est le principe de la transparence fiscale.
Dans la fiscalité des parts de SCPI, pour une personne physique soumise à l’impôt sur le revenu et domiciliée en France, il convient de distinguer :
1) La fiscalité liée à l'acquisition des parts sur le marché
S'agissant d'immobilier, toute cession de parts entre un associé et un acquéreur sur le marché secondaire donne lieu au versement d'un droit d'enregistrement au taux actuel de 5%.
2) La fiscalité des revenus ou dividendes versés
En fonction de leur niveau de souscription au capital de la SCPI, les associés personnes physiques perçoivent deux types de revenus :
- les revenus fonciers correspondant aux revenus locatifs de la gestion du patrimoine immobilier de la SCPI sont pris en compte pour le calcul de l'impôt sur le revenu de chaque associé.
Par ailleurs, les associés sont autorisés à déduire de leurs revenus fonciers le montant des intérêts d'emprunt, éventuellement contractés pour l'acquisition de parts sociales, sans limite de temps ou de durée. Enfin, l'éventuel déficit foncier résultant de dépenses déductibles du revenu foncier mais autres que les intérêts d'emprunt peut être déduit du revenu global de l'associé dans une limite de 10 700 euros. Au-delà de cette limite, la fraction du déficit supérieure ainsi que celle correspondant aux intérêts d'emprunt ne sont reportables que sur les revenus fonciers des dix années suivantes.
- les revenus financiers distribués aux associés, dont la proportion est en général très réduite et qui proviennent de la gestion financière par la société de gestion de la trésorerie (placements de certificats de dépôts négociables ou sur des comptes à terme). Cette trésorerie a pour origine le décalage entre la date de perception des loyers et celle du paiement des charges et provisions en attente : dépôt de garantie des locataires, réserves pour travaux, etc...
La quote-part des produits financiers réalisés par la SCPI sur les placements de trésorerie peut faire l’objet, sur option de l’associé, d’un prélèvement libératoire (l’option est choisie pour la durée d’un exercice entier et ne peut faire l’objet de modification au cours de celui-ci). Conformément à la réglementation en vigueur, le taux est au 1er octobre 2011 de 32,50% pour les certificats de dépôts et les dépôts à terme, dont 13,50% de prélèvements sociaux.
Dans le cas contraire, les produits financiers bruts :
- sont imposés dans la catégorie des revenus de capitaux mobiliers au barème progressif de l’impôt sur le revenu,
- sont soumis aux prélèvements sociaux en vigueur (13,50%) comme tous les produits de placement à revenu fixe, quel que soit le régime d'imposition, lorsque l'établissement payeur de ces produits est établi en France. Ce prélèvement à la source concerne notamment les Titres de Créances Négociables, sur lesquels est placée la trésorerie de la SCPI.